非洲远不止撒哈拉沙漠这一地理元素，东非大湖群坐落于东非大裂谷地带，共有超过七个世界级大湖：维多利亚湖、坦噶尼喀湖、马拉维湖、图尔卡纳湖、基伍湖、爱德华湖、艾伯特湖等等。除维多利亚湖为裂谷间洼地形成外，其余六湖均是地壳断裂下陷形成的断层湖，大多形态狭长、深度巨大。

维多利亚湖是非洲面积最大湖泊、世界第二大淡水湖，跨坦桑尼亚、乌干达、肯尼亚，是白尼罗河的主要水源，湖水较浅。坦噶尼喀湖为世界第二深湖，湖泊古老，储水量巨大，湖水汇入刚果河。马拉维湖深度大，特有鱼类繁多。图尔卡纳湖位于东支裂谷，是世界最大沙漠咸水内流湖。艾伯特湖、爱德华湖归属尼罗河水系；基伍湖湖底蕴藏大量甲烷，存在地质灾害隐患。

东非大湖所在的东非大裂谷，被视作人类起源的摇篮。裂谷内湖泊广布，河湖与草原相间，水源充足，动植物丰富，为古人类生存演化提供良好环境。在图尔卡纳湖、维多利亚湖沿岸以及埃塞俄比亚的裂谷地带，出土大量南方古猿、直立人化石。地壳抬升，森林变为草原，促使古猿直立行走。主流假说认为，人类远古祖先最早在东非这片区域演化。