不仅智取生辰纲的黄泥冈在南京，“杨雄大闹翠屏山”的翠屏山也在南京。“鲁智深大闹五台山”，五台山又名清凉山，南京既有五台山也有清凉山，《水浒传》只是借用了地名以隐写大明都城。
而且，“龙虎山”也是隐写的南京龙山与虎山——栖霞山有三峰，东峰如龙称龙山，西峰似虎称虎山，主峰三茅宫又称凤翔峰。三茅宫书中写成“茅州”，铁叫子乐和就是茅州人。
“智取生辰纲”故事中，东溪村山上有一株大红叶树，县令时文彬命巡夜的雷横采集红叶为凭，查验他们是否到此巡逻。这里写的就是以红枫著称的栖霞山。
以南京地名写故事，是因为《水浒传》隐写的是明朝靖难之役前后的历史。其中，“智取生辰纲”写的燕王进京。
为头劫取生辰纲的是郓城县东溪村的保正晁盖。东溪村、西溪村原本隐写的是“濠之钟离东乡”，也就是朱元璋的出生地。
据《明实录·太祖高皇帝实录》的记载，朱元璋小时多病，其父就有意把他舍给佛寺。因东乡佛寺僧人逃荒而空寺，朱家就迁到了西乡，再迁到了“太平乡孤庄村”。所以，晁盖夺了西溪村僧人的青石宝塔而得绰号托塔天王，大闹五台山的花和尚鲁智深也就是“天孤星”。
托塔天王是从毗沙门天王、北方多闻天王演化的。北方多闻天王手中有一只白鼠，就是白日鼠白胜，隐写的是属鼠的朱棣（1360年，庚子年生）。托塔天王晁盖既隐写了大明太祖，也隐写了燕王。
白胜是安乐村人，黄泥冈就在安乐村。安乐有两个寓意，其一，“安”指的是建康，康即安，书中的安道全、王定六就是建康人。又隐写燕藩北平，平也是安。其二，安乐与“快活林”对看，隐写的是永乐。《明实录·太宗文皇帝实录》：永乐六年五月，“甲寅。命于辽东自在、快活二城设自在、安乐二州，每州置知州一员吏目一员。”
却说雷横奉时文彬之命出县巡逻缉捕盗贼，到东溪村山上采了红叶，在灵官殿内把醉酒的刘唐当做盗贼拿了。就是这个赤发鬼挑起了晁盖智取生辰纲之事。
灵官有多重隐喻，其中就有燕王朱棣的隐喻。灵官是玄武大帝手下战将，燕藩在北方玄武之地，朱棣乃以玄武大帝转世自称，在《明实录·太祖高皇帝实录》中自称“首戴一龟”，玄武就是龟蛇合体。
四大名著中的“酒”、“醉”都是隐写的洪武三十一年闰五月初十，朱元璋“闻雨降而喜形于色”驾崩于西宫的历史。这场雨，就是“及时雨”。所以，晁盖得宋江报信而上了梁山。
“生辰纲”是反着写，隐写的是太祖“雨卒”。雨卒谐音为羽卒，也就是金翠莲、翠屏山的“翠”。所以，四大名著中有翠花楼、翠云宫、李翠莲、滴翠亭、栊翠庵等等“翠”。朱元璋属龙，得雨而归。太祖归天，燕王才敢造反，建文元年，朱棣起兵。
因刘唐“醉卧”，晁盖得信而聚七星智取生辰纲。黄泥冈上，又是白日鼠白胜以“酒”麻（醉）了杨志等人——都是隐写的燕王夺位于“黄泥冈”。而《水浒传》中的“冈”都是隐写的独龙冈，也就是大明孝陵。
“智取生辰纲”破绽百出，其中的“智”就是吴用设计以夺生辰纲为利诱，迫使托塔天王上梁山。梁山，实写的是石景山，石景山古称梁山。而且，有以“石”隐写石头城，以“景山”隐写大明永乐禁城。“景阳冈”那就是隐写的是大明皇陵，这其中就包括了永乐长陵。
“豹子头误入白虎堂”，其中就隐写了永乐二十二年朱棣驾崩榆木川，停灵仁智殿。仁智殿即白虎殿。白虎殿在吴元年（1367年）九月初三这天，被朱元璋改名为文楼，也就是《石头记》中的体仁院。
黄泥冈在安乐村，隐写的是大明二京。