关于秦始皇生父的争议，核心在于《史记》中两种看似矛盾的记载。目前主流史学界公认的观点是：秦始皇的父亲是秦庄襄王（原名异人，后改名子楚），吕不韦并非其生父。

这一争议的源头来自《史记·吕不韦列传》。其中记载，吕不韦在邯郸与一名善舞的赵姬同居，赵姬怀孕后，吕不韦刻意安排她与当时在赵国为质的秦国公子异人见面。异人一见倾心，请求吕不韦将赵姬送给自己。吕不韦“怒”后又“念业已破家为子楚”，便献上赵姬，但隐瞒了赵姬已有身孕的事实。赵姬“自匿有身”，至大期时（约十二个月）生下嬴政，于是异人立赵姬为夫人。这段文字暗示嬴政可能是吕不韦之子。

然而，这一说法存在重大疑点，且与《史记》中其他篇章矛盾。

时间与生理逻辑矛盾：文中称赵姬“至大期时生子政”。“大期”指足月分娩，通常为十二个月（或十个月）。如果赵姬在归异人前已怀孕，那么从受孕到“大期”生产，时间跨度过长，不符合正常妊娠周期。这恰恰反证了嬴政是异人的亲生骨肉，而非吕不韦的遗腹子。

《史记》内部矛盾：在《史记·秦始皇本纪》中，明确记载“秦始皇帝者，秦庄襄王子也。庄襄王为秦质子于赵，见吕不韦姬，悦而取之，生始皇。”这里只字未提吕不韦是生父，直接认定嬴政是子楚（异人）之子。司马迁在同一部史书中出现两种说法，通常认为《吕不韦列传》中的“奇货可居”故事带有传闻和文学渲染色彩，而《秦始皇本纪》的记载更为正式可靠。

政治动机与后世演绎：吕不韦是嬴政的生父这一说法，在汉代以后被广泛传播，很大程度上源于政治需要。西汉中后期，随着刘氏皇权正统性的强化，抹黑秦朝、尤其是秦始皇的出身，成为政治宣传的一部分。吕不韦“以吕易嬴”的故事，正好符合这种“秦失其鹿，天下共逐之”的叙事逻辑。此外，后世小说、戏剧（如《东周列国志》）为了增加戏剧冲突，也极力渲染这一传闻。

现代史学界的共识：从吕思勉、钱穆到当代的史学研究者，大多认为“吕不韦是生父”的说法不可信。它更像是汉代人为了贬低秦始皇而编造的流言，或者是对吕不韦与赵姬私通关系的夸张演绎。秦始皇的父亲就是秦庄襄王异人，这是基于可靠史料和逻辑推演得出的结论。

综上所述，秦始皇的父亲是秦庄襄王异人（子楚），而非吕不韦。吕不韦是其政治上的“仲父”和重要辅臣，但并非生物学上的父亲。