方纫秋带领上海队拿下第五届全运会冠军之后，王后军接过上海足球队主教练的帅印。球员时代的王后军就是上海队主力前锋，脚下技术细腻，是典型的海派技术型球员，退役后留在队中担任助理教练，全程参与了1980降级、1981冲甲、1983全运会夺冠的整个历程。

1984年，王后军正式出任上海一队主教练。他延续了方纫秋留下的战术思路，坚持走上海足球细腻传控的路线，依托江湾体育场的主场优势，继续打磨队伍。他熟悉队内每一名队员的技术特点，也了解海派足球的风格根基，没有轻易大刀阔斧改动成熟的战术框架。

执教期间，王后军继续培养上海本土青年才俊，柳海光、秦国荣、张惠康这批全运会夺冠班底的球员，继续在他麾下征战全国甲级联赛。在他带队的几年里，上海队长期稳居国内足坛上游行列，保持稳定的竞争力。

1988年，王后军离开上海成年队一线帅位。离开专业队之后，他依旧没有离开足球领域，常年扎根上海基层青训，挖掘青少年足球苗子，持续为上海足坛输送人才。

进入职业化甲A时代，王后军还曾参与上海浦东队的执教工作。多年的执教生涯，他始终坚持海派足球的技术路线，是连接专业队年代与甲A时代的关键人物。

2012年11月，王后军因病在上海离世，享年69岁。