蒋介石和孙科属于相看两相厌，互相见不上。
孙科骨子里有一种天然的优越感：天下是我爹打下来的，你蒋介石不过是我爹手下的一个军人。总理的江山，凭什么落到军人蒋介石手里？

1932年4月24日，刚辞去行政院长不久的孙科发表《救国纲领草案》，提出“速行宪政”。他认为训政已经拖了四年，应当让人民参加政治，以宪政方式重新组织政府。

蒋介石很快作出回应。
5月至6月间，他连续发表讲话，坚持国民党尚未完成训政责任，又搬出孙中山的《建国大纲》，强调军政、训政、宪政有既定程序，不能随意改变。孙科援引孙中山设定的宪政目标，蒋介石则援引孙中山规定的政治程序，两边争论的都是孙中山留下的那套制度安排。

四年前，孙科本人还参加过另一项工作。

1928年，他与胡汉民、伍朝枢赴英国、德国考察政治经济，回国后参与起草《中华民国训政大纲》。到了1932年，他已经要求提前进入宪政。双方公开争论的内容落在训政是否继续、何时实行宪政，以及能否改变《建国大纲》规定的程序上。

1931年胡汉民被扣后，孙科辞去职务前往广州，参加反蒋运动。广州方面公开攻击蒋介石独裁，孙科站在其中。反蒋阵营没有把蒋赶下去。到年底政局重新组合，孙科回到南京，出任行政院长，不久辞职，1933年又出任立法院院长。

孙科此后的职位一直很高。他是孙中山之子，做过行政院长、立法院长、国民政府副主席，又主持过宪法起草。国民党和国民政府没有形成父子承继最高职位的制度，孙科也没有一支以自己为核心的嫡系军队。他能够利用中央职务、党内资历和孙中山之子的声望参加权力竞争，却不能像军事集团那样直接调动成体系的武装力量。

蒋介石手里的资源完全不同。黄埔系统、军事委员会和中央军将领长期围绕他运转。孙科可以辞职，可以参加反蒋，可以推动宪政，也可以长期坐在立法院院长的位置上，军队的指挥链却不在他手里。

抗战结束以后，两人仍在同一个中央权力体系里共事。1947年4月18日国民政府改组，蒋介石出任国民政府主席，孙科被任命为国民政府副主席兼立法院院长。孙科的正式座次已经到了国民政府副主席，蒋介石掌握的党政军系统却没有随这个任命发生转移。

到了1948年，蒋介石在私人日记里仍对孙科颇多贬斥，甚至曾用“阿斗”等字眼评价他。可第一届总统、副总统选举开始以后，蒋又支持孙科竞选副总统，还设法为他争取选票。

孙科的主要对手李宗仁身后有桂系。国民大会经过数轮投票，李宗仁最终当选副总统，孙科落败。孙科没有退出中央。

5月17日，他又当选行宪后的第一任立法院院长。

半年以后，前线战局急速恶化，行政院再度换人。11月26日，立法院对孙科出任行政院长行使同意权。辽沈战役已经结束，淮海战场正在扩大，南京政府同时承受军事和财政压力，孙科重新进入行政中枢。

1949年1月，蒋介石下野，李宗仁代总统。孙科没有因此与李宗仁形成稳定的权力组合。1月25日，行政院决定政府由南京迁往广州。此后，总统府与行政院围绕政府所在地、和谈尺度和行政指挥不断发生冲突。


2月23日，蒋介石的事略稿本已经记下李宗仁准备改组行政院、排除孙科的动向。

3月，孙科辞去行政院长。
几天后，他去了溪口。3月19日留下的档案照片中，孙科与已经下野的蒋介石同游妙高台、雪窦寺。

到了6月18日，蒋又托郑彦棻转话，希望孙科早日返回广州“扶持危局”。

孙科后来去了香港，再辗转欧洲和美国。
蒋介石则在台湾重新建立国民党政权。十多年里，两人没有再在同一个权力中心共事。

1965年10月29日，孙科夫妇从美国搭机抵达台北松山机场。第二年，蒋介石提名孙科出任考试院院长，监察院随后对这项提名行使同意权。孙科重新进入台湾最高层政治机构。

这时的孙科已经七十多岁。1931年，他还能前往广州参加反蒋政治中心；1948年，他还能与李宗仁争夺副总统；到了1966年，他接下的是蒋介石主导体制中的一个院长职位。

几十年间，他一直带着孙中山之子的姓名、资历和政治声望进入中央机构，军队、党务和最高行政权力却始终没有转到他的手中。

1973年，孙科病逝台湾。

去世前，他仍担任考试院院长。考试院的大事纪里，孙科去世后，由副院长依法代理院长职务。孙科最后留下的，是行政、立法、考试三院院长等一连串很高的职务；台湾的最高权力中心，则仍由蒋介石掌握。