芝麻根腐病是一种土传病害，病菌在土壤中越冬，因此，只要温湿度适宜，病害就会发生，要想有效控制住根腐病，一定要提前预防。
首先，不要重茬种植，由于土壤中病原菌少，可减少病害发生。
其次，可在芝麻播种前用种衣剂拌种，可阻止病菌侵染种子和幼苗根系，也可减少根腐病的发生。