日本政府地震调查委员会29日晚间召开临时会议，针对28日熊本县最大震度7、规模7.1强震进行评估，认定震源位于「日奈久断层带」中。地震调查委员会委员长、东京大学名誉教授小原一成表示：「日奈久断层带仍有尚未破裂的部分，未来很有可能再次引发地震」，呼吁民众持续提高警觉。
根据《每日新闻》、共同社等日媒报导，日奈久断层带全长约80公里，自东北向西南延伸，可分为「高野－白旗区段」、「日奈久区段」及「八代海区段」3个区域。2016年4月熊本地震时，破裂的是高野－白旗区段的一部分。
根据调查委员会推估，本次地震的震源断层长约30公里，涵盖日奈久区段北东部及高野－白旗区段部分区域。其中，日奈久区段仍有部分断层尚未破裂，而八代海区段则未受到此次地震影响。
委员会推估，八代海区段未来30年内发生规模7.3左右地震的机率为「0%至16%」，因机率超过3%，被列为日本活断层危险程度最高的「S级」警戒对象。
至于此次地震是否起因于2016年熊本地震留下的「未破裂区段」再次活动，小原表示，委员会内部确实有此看法，但目前仍需进一步分析，尚未做出最终结论。
另一方面，广岛大学自然地理学教授熊原康博等人组成的研究团队，29日在熊本县进行调查后表示，2016年熊本地震发生错动的日奈久断层带北端附近，极有可能在此次地震再次发生错动。一般而言，活断层多半以千年为单位在一定间隔内反复活动，引发地震，相隔仅10年便再次错动的情况极为罕见。
熊原教授等人再度勘测在2016年熊本地震后调查过的益城町与御船町断层。发现原以为在强震过后「应变」（strain）已释放、短期内不会再动的多个地点，如今竟再度确认出现断层错动。位于日奈久断层带北端附近的断层，在2016年位移动约60公分，此次最大位移约20公分。据称，其他地点也有数公分位移。熊原教授表示：「这是一般断层不会出现的现象。短时间内再次发生断层错动，在全世界十分罕见。」
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