1944年，朱绍良飞抵新疆，劝说盛世才辞职，盛世才起初并不同意，朱绍良便一脸严肃地对他说道：中央军正在源源不断地开往新疆，要你辞职，那时委座给你面子，你可要多多考虑，我来新疆前，委座召见我时，要我转告你，离开新疆后，你还可以重新任职，这是辞职，又不是撤职，就这样，在朱绍良的软硬兼施之下，盛世才递交了辞职，被迫离开了新疆到重庆赴任，结束了自己在新疆11年5个月的统治。




1944年8月，作为新疆省政府主席的盛世才为了摆脱蒋介石的控制，开始着手驱逐新疆的国民党人，他对黄如今，童世荃、张志智、林柏雅等在新疆的国民党要员进行了秘密抓捕。



消息传到重庆后，蒋介石勃然大怒，他知道这是盛世才玩的花招，因而一遍派出下属朱绍良等人飞往新疆，先去稳住盛世才，一方面则是派中央军对迪化形成大包围态势，酒泉机场若干架飞机也在严阵以待准备随时出击。



8月16日，朱绍良一行人飞抵迪化后，向盛世才传达了蒋介石要求他辞职的命令，盛世才并不情愿离开他苦心经营多年的新疆，因此一开始并同意，朱绍良便将中央军正在向新疆开拔的情况说给了盛世才听。



盛世才一听，明白自己已经大势已去了，便同意了辞职，离开了他经营多年的新疆。盛世才辞职后，蒋介石为了安抚她，将他任命为农林部长。




而在盛世才离开新疆，前往重庆赴任时，当地的民众纷纷上街焚烧纸钱，高声痛斥盛世才在新疆统治十二年之久的罪恶行径。



盛世才本以为他离开新疆之后，应该就不会有什么事情了，然而令他万万没有想到的是，在1945年7月时，新疆民众竟掀起了讨盛浪潮，发布“新疆省全体民众讨盛檄文”，编写《盛世才祸新纪略》，向国民政府控告盛的罪行，国民政府迫于压力，不得不将盛世才担任的农林部长给撤掉了，并责成法院查办盛世才。




盛世才为此十分恐慌，一面拿出重金求助国民政府的军政要员，一面则是写信向蒋介石求救，蒋介石则是对盛世才进行了安抚，将这个事情不了了之之。




这之后，盛世才一直都担任着有名无实的虚职，夹着尾巴做人，1949年，国军败退台湾后，盛世才也一同前往，到了台湾后，盛世才深居简出，改姓为颜，找了一个不起眼的地方住了下来，每天除了在街上见他买菜购物以外，盛世才都一直在家中居住，直到1970年7月13日，病逝于家中，结束了他罪恶的一生。