虽然伊朗和美国已经于4月7日同意停火两个星期并开始谈判，但双方的要价显然还存在非常大的差距，达成协议仍然面临非常多的困难。
美国提出的停火方案包括十五条要求，而伊朗方面也提出了十项条件。按照美方4月8日公布的消息，此前媒体曝光的伊朗方面的十项条件并不是美方同意作为谈判基础的条件，而是经过美国与伊朗、以及作为调解人的巴基斯坦方面协商之后的方案。
但大体而言，双方仍在至少四个问题上存在分歧。

首当其冲的就是伊朗核活动的问题。美国此次与以色列对伊朗发动联合军事打击行动，借口就是伊朗正在研发核武器，而且接近成功。所以，美方将伊朗放弃核活动和浓缩铀活动视为“红线”，这也是白宫新闻秘书莱维特4月8日在新闻发布会上确认的。
此次冲突发生之后，伊朗方面已经承认拥有丰度为60%的浓缩铀，但在美以联合袭击中被埋在地下，清理出来有非常大的难度。美国也一度计划投入特种兵空降到伊朗，武力夺走伊朗的浓缩铀。
但伊朗对这个问题的应对经验十分丰富，此前已经经历了三十多年的长期拉锯。至少伊朗可以在明面上承认放弃研发核武器，只是和平利用核能，这也是此前美国、俄罗斯、中国等曾经接受过的六方会谈达成的协议。
也就是说，在这个问题上，伊朗和美国仍然有希望恢复六方会谈基础上达成的伊核问题协议。

其次是霍尔木兹海峡开放通行的问题。美方此次在只差临门一脚的时候突然叫停对伊朗的民用基础设施的大规模打击，就是因为伊朗同意恢复谈判，并承诺重新开放霍尔木兹海峡。
美国的要求是伊朗无条件开放霍尔木兹海峡，允许过往船只通行，而且也不能接受伊朗对过往船只收费。
伊朗方面目前的说法是，在接下来与美国进行谈判的两个星期内，伊朗可以有条件、有限度地开放霍尔木兹海峡。但伊朗特别强调的一点是，开放是在伊朗控制之下的，过往船只只有得到伊朗许可才能通行，而且并非所有国家的船只都可以通行，只有伊朗允许的国家才能通行。
而且，4月8日当天，因为在黎巴嫩真主党停火的问题上发生分歧，伊朗再次一度宣布封锁霍尔木兹海峡。
伊朗方面此前提出的条件中特别强调，希望美国确认伊朗对霍尔木兹海峡的控制权，并接受伊朗对过往船只收费的方案，这一点美国接受的可能性非常低。

第三，伊朗要求美以赔偿伊朗的战争损失。在3月23日伊朗提出的谈判条件中，就已经提到了这一点。但在4月初伊朗在这个问题上有所变化，伊朗称，如果美国不愿意赔偿伊朗的战争损失，那么就要允许伊朗对过往霍尔木兹海峡的船只收费，以弥补自身的损失。
赔偿战争损失是只有战败国才能接受的条件，而美国目前仍然宣称自己取得了完全而且彻底的胜利，因此不可能接受直接赔偿损失的方案。至于伊朗在霍尔木兹海峡收费的方案，美国也不太可能接受。

第四，伊朗提出的另外一个值得注意的条件是，要求美国军队全部从中东地区撤离，不仅包括此次增调部署到中东地区的美国军事力量，也包括美国在中东地区的盟国境内的军事基地。因为在伊朗看来，这些军事基地就是针对伊朗的，所以在反击中也一直在打击这些军事基地。
美国在中东地区的军事基地是保持中东地区战略平衡的关键，如果没有美国军事基地的保护，伊朗周边的海湾国家寝食难安。
4月7日的联合国安理会上，巴林、科威特、卡塔尔、沙特、阿联酋和约旦六个国家就提议联合国同意在美国的主导下，组建国际护航舰队，强行武力打破伊朗对霍尔木兹海峡的封锁。
从这里也可以看出，即使美国可以接受在目前条件下结束战争，完全从这个地区撤离军事基地和武装力量，这些海湾地区的伊朗邻国也不能接受这一点。所以，在这个问题上达成一致的可能性也非常低。

此外，因为以色列拒绝对黎巴嫩真主党停火，已经引起伊朗的强烈不满，伊朗已经表示将会继续支持黎巴嫩真主党武装，如果以色列继续打击黎巴嫩真主党武装，伊朗将会继续袭击以色列。
如果伊朗继续袭击以色列，以色列自然也会还击，停火也就不可能继续下去了，谈判也无法继续进行。