1949年，国军陆军上将孙震携部属及500两黄金逃往台湾，在临走前，他将川鄂绥署主任之职交侄子孙元良代行，并给了他2000两黄金，孙元良则信誓旦旦的表示保证：“绝不投降！” 1949年初，作为川鄂绥署主任的孙震奉命指挥指挥第四兵团罗广文部及整编中的第十六兵团孙元良，防守大巴山一线，结果在我人民解放军强大的攻势下，孙震部迅速溃败。 孙震见解放军已经相继攻克了川东各县，并开始三个方向向成都逼进，这就让他十分惶恐，为此，深知兵败已成定局的孙震便决定撂下部队，逃往台湾。 而在逃往台湾之前，孙震为了让自己能够到了台湾“无后顾之忧”，便以“部队补给”为由，从国防部军需局借“来”了3000两黄金，孙震再拿到这3000两黄金后，给了绥靖区眷属500两黄金，自己留下来了500两黄金，剩下的则是以军费的名义交给了自己的侄子孙元良。 当时，孙震不仅给了侄子孙元良2000两黄金，还将川鄂绥署主任职交孙元良代行，将16兵团的指挥权也一并交到了孙元良的手中，嘱咐他一定好好打，不要辜负自己的信任。 孙元良则向孙震表示，自己绝不会投降，一定会坚守到底，然而就在孙元良送走了自己的叔叔后，令他无法控制的事情便发生了，16兵团副司令曾甦元、41军军长董宋珩早已和我地下党取得联系，在地下党的劝说和安排下，董宋珩、曾甦元等人组成“起义指挥部”，脱离孙元良的指挥，相继在四川金堂、广汉等地起义。 孙元良知道这个事情后，既生气，又害怕，他生怕第十六兵团下辖的其他部队也跟着起义，便指挥他控制的六十师董兆均部，乘着夜色，搭乘军用卡车来到什邡，准备胁迫其他未起义的十六兵团将领听从他的指挥，带着部队去往康、滇等地， 已经率部起义的41军军长董宋珩获悉这个情况后，便命令严翊部在马脚井构筑防御工事，摆出战斗姿态，要与孙元良控制的六十师董兆均部进行战斗。 除此之外，41军军长董宋珩还亲笔写下一封书信送到了孙元良处，信中这样写道：“全兵团已经起义，不愿西行，你快走吧！ 孙元良见此情形，知道自己已经无法控制这个局面，便撇下部队，一个人乘坐汽车跑到了成都，准备在凤凰山机场搭飞机离开成都，但是到了地之后，发现机场已经关闭，他无法坐飞机离开，便只能够乔装打扮一番，辗转去往香港。 孙元良到了香港之后，没有久待，而是在1950年1月，来到了台湾，到了台湾之后，由于他先前作战不利，被被斥责永不录用，至此结束统军任官生涯，当时为了维持一家人的生计和开销，他曾买了不少鸡来养，之后又曾去往日本，开了一个小馆子维持生活。