1929年初，马仲英部经甘南草原进入青海湟源，暗中勾结驻守湟源的宁海军骑兵营营长马步元，攻破县城。破城后马部士兵“逢男丁即杀，遇妇女则辱”，城内2400余名百姓遇害，其中青壮年男子几乎被屠戮殆尽。西城低洼处的“万人坑”旁，一口半干涸的水池里漂浮着数十具幼儿尸体，血水将池岸的黄土染成赭色。 马仲英1910年出生于甘肃河州回族家庭，父亲马宝是青海马麒部下营长。1928年春天国民军逮捕处决其父，当时马仲英在青海陆军军校学习。他随即带几名同伴离开学校，途中伏击国民军运输队夺取枪支弹药和大批物资。到达河州后召集当地民众组建武装，自称司令并任命马廷贤为副司令，因年纪小被称作尕司令。部队三次围攻河州城，国民军集结六万大军反击，包括吉鸿昌等人率领的部队。马仲英部在岷州战败后率残部南撤进入藏区，1929年初经甘南草原转入青海地区。 湟源事件发生后，县城外十五里的五屯上下庄三百户汉族人家据土堡抵抗。马部使用炸药炸开堡门，两小时内杀光堡中精壮男子，妇女被带到附近山沟，堡内多年积累的唐卡和雕塑艺术品被装车运走。热贡艺术传统在此彻底断绝。据幸存者记录，堡内尸横遍野，巷口石磨上沾满痕迹。此后马仲英部队放弃此前不杀回不杀汉的说法，内部混杂河州溃兵、甘南山匪和失业游民，在报仇名义下实施烧杀抢掠，宗教旗帜成为掩盖行为的工具。 同年3月11日马仲英部抵达永昌县城，以借粮为由要求开城。守城民团因听闻湟源事件关闭城门并开枪示警，混乱中误杀马部一名旅长。马仲英下令用云梯攀城并以缴获山炮轰击北门，至黄昏破城。入城后下达屠城三日命令，男子被驱赶到城外河滩集体处决，寺庙内妇孺也被拖出。西街圣容寺八十多名避难者被锁在大殿烧死，东门瓮城处俘虏被令自挖土坑跪成一排枪杀。根据永昌县档案男性死亡人数达2200至3200人，城内适龄妇女几乎全部遭辱，街巷尽是女尸，许多人被剥光衣服钉在门板上。永昌因此被称为寡妇城，到1940年代街上仍可见成群孤寡妇女乞讨。 之后马仲英挥师东进民勤，4月初其弟马仲杰率前锋部队抵达城外，以补充给养为名索要粮食布匹。民团团长孟述先率团丁在城外伏击，击毙马部士兵20余人。马仲英闻讯下令全力攻城。民勤城墙高厚，部队夜间挖掘城墙基部填入柴草纵火，北段城墙塌陷十余丈。4月12日破城后马仲杰下令三日不封刀，劫掠持续十七天。县长雷尚志率卫队巷战被俘后斩首悬于城门，旁挂木牌。城内9000余居民中4600余人遇害，西校场枯井塞满投井妇女尸体，东城门附近民居被焚烧残垣间可见烧焦遗体。 同年5月吉鸿昌率国民军36师追击至民勤，官兵目睹黄沙漫道尸骸枕藉，县城内炊烟断绝井水因尸体腐烂发黑。当地百姓称井塞人骸蝇虫蔽日。民勤社会结构彻底摧毁，直至1950年代当地老人仍记得满城哭丧声。 1929年4月下旬马仲英趁宁夏城防务空虚沿黄河西岸疾进。守将马福寿兵力单薄，马仲英派人策反城内回族士绅以保护穆斯林为口号，4月28日黎明破城。入城初期实施无差别屠杀，穿制服者、留分头者、操外省口音者全部处死。东大街晋商商号被洗劫人员全杀，南门楼设临时刑场每日斩杀数十人人头堆积。卫队中河州刀客以割耳鼻取乐，街上伤者爬行呼救。后来马福祥管家马廷秀用阿拉伯语劝说，马仲英才发放保护白旗让百姓悬挂门前。此时城内已尸横遍野，西门外唐徕渠漂浮数百具尸体河水数月无法饮用。 马仲英部撤走后国民军清乡行动加剧矛盾，大通等地设立机构不分情况报复回族民众。河西走廊十室九空，伤寒鼠疫流行，加上1929年饥荒灾情加重。据甘肃通志不完全统计1928至1929年间马仲英部直接屠杀平民逾万人，间接因战乱饥荒瘟疫死者达数万人，甘青宁交界地带人口锐减近三成。永昌民勤等地直至1949年仍未恢复，县志记载田野荒芜村落为墟老弱转徙少壮流亡。